『哲学的神学』の第５章は「宗教と科学」である。これも小田垣にあっては重要な問題である。かれはこの問題を神学の問題として捉える。すなわち史的イエスと信仰のキリストの問題として。そして両者は次元の異なったものであるというような「並存的理解」ではなく、両者の関係を問うている。